Ochrona przyrody
Głównym założeniem działań Gminy w zakresie ochrony środowiska przyrodniczego jest zachowanie istniejących walorów przyrodniczych, realizowane przez tworzenie obszarów podlegających ochronie, przepisów o ochronie środowiska, kontrolę przestrzegania przepisów ochronnych oraz w zakresie wydawania pozwoleń wodno-ściekowych oraz dopuszczalnych emisji zanieczyszczeń powietrza.
Na terenie Gminy Wadowice występują różne formy ochrony przyrody. Utworzony w 1999 r. Park Krajobrazowy Beskidu Małego obejmuje swoim zasięgiem południową część Gminy (2069 ha, czyli 18 proc. powierzchni). Naturalne walory krajobrazowe leżących w jego otulinie dolin Choczenki i Ponikiewki, porośniętych borem świerkowym, mieszanym i buczyny karpackiej, stanowią wartość podlegającą działaniu przyrodniczemu Parku.

Pomniki przyrody
Jedynym zarejestrowanym, na obszarze Gminy pomnikiem przyrody nieożywionej jest skałka fliszowa w Ponikwi, wznosząca się na szczycie góry Żar w Beskidzkie Małym (671 m n.p.m). Ma ona kształt baszty wysokiej na około 9 m i podstawę o długości 40 m.

Zarejestrowane pomniki przyrody ożywionej to:

 W Gorzeniu Górnym:
- lipa drobnolistna o obwodzie pnia 300 cm
- wiąz polny o obwodzie pnia 430 cm - obydwa w zadrzewieniu parkowym dworu-muzeum Emila Zegadłowicza,

 W Jaroszowicach:
- lipa drobnolistna o obwodzie pnia 350 cm - na skarpie w odległości 3 m od ogrodzenia cmentarza parafialnego,
- lipa drobnolistna o obwodzie pnia 315 cm - nad drogą przy brzegu Skawy, u podnóża południowego stoku Góry Jaroszowickiej,
- lipa drobnolistna o obwodzie pnia 460 cm obok kapliczki przed stadionem LKS Skawa Jaroszowice (do 19 listopada 2004 r. było tam skupienie dwóch lip, ale grubszą (485 cm) zwaliła wichura, jaka nawiedziła powiat wadowicki w tym dniu),

 W Kleczy Dolnej:
- dąb szypułkowy o obwodzie pnia 475 cm - obok kościoła parafialnego,

 W Kleczy Górnej:
- dwie topole białe o obwodach pni 610 i 450 cm - obok mostu,

 W Ponikwi:
- lipa drobnolistna o obwodzie pnia 290 cm i wysokości 23 m na gruncie właściciela prywatnego (Józef Byrski),
- lipa drobnolistna o obwodzie pnia 364 cm i wysokości 25 m - obok kościoła parafialnego,

 W Stanisławiu Górnym:
- cis pospolity o obwodzie pnia 157 cm i wieku ok. 400 lat - w zagrodzie właściciela prywatnego (Stanisław Klaja),
- cis pospolity o obwodzie pnia 100 cm i wysokości 5 m - w zagrodzie właściciela prywatnego (Tomasz Grzywa),

 W Wadowicach:
- lipa drobnolistna o obwodzie pnia 530 cm - na posesji właściciela prywatnego Łazówka 1 (Michalina Czermińska),
-   lipa szerokolistna  w wieku około 250 lat - przy ul. Polnej, w dawnym parku obok dworu Mikołaj.

Fauna i flora
Flora obszaru Gminy Wadowice, a zwłaszcza jego południowej części przedstawia się niezwykle interesująco. W minionych wiekach obszar ten pokrywały zespoły leśne, lasy mieszane z dominującym bukiem i jodłą, dębowo-grabowe z brzozą, sosnowo-dębowe oraz świerkowo-bukowe. Struktura lasów w zasadzie pozostała ta sama, więcej jest tylko lasów sosnowych. Istotnie natomiast zmniejszyła się powierzchnia obszarów leśnych. Południową część gminy pokrywają obecnie głównie lasy świerkowe, z domieszkami buka i jodły, spotyka się także dość często jawory, graby, jesiony i jarzębiny. Osobliwościami są niewątpliwie daglezje, sprowadzone w drugiej połowie XIX w. z Kanady.
Zróżnicowanie gatunków drzew i krzewów rosnących na obszarze Gminy Wadowice sprawia, że nie mniej różnorodne są rosnące tu rośliny runa i poszycia leśnego. Rzadkie w skali regionu rośliny występują także na łąkach i  torfowiskach. Należy wśród nich wyróżnić storczyki, wełniaki, rosiczki oraz mieczyki dachówkowate.
Wielowiekowa działalność człowieka zredukowała obszar lasów, a co za tym idzie także powszechność zamieszkujących je zwierząt. Pospolite są jeszcze lisy, wiewiórki oraz zające a spośród ptaków sikorki, zięby sosnówki, kuropatwy i sójki. Do rzadko, ale jednak wciąż jeszcze spotykanych zaliczyć trzeba dzięcioła czarnego, głuszca, zimorodka, myszołowa oraz bociana czarnego, a ze ssaków jelenia karpackiego, sarnę i dzika. Warto wspomnieć, że występują tu wszystkie niemal żyjące w Polsce gatunki  gadów, m.in. jaszczurka zwinka, jaszczurka żyworodna, zaskroniec, padalec oraz, aczkolwiek rzadko, żmija zygzakowata - jedyny gatunek jadowity.

Lasy
Według danych Urzędu Statystycznego udział lasów i terenów leśnych w ogólnej powierzchni Gminy Wadowice wynosi 30,8 proc. natomiast według obliczeń wykonanych na potrzeby niniejszego Planu, według danych z 2004 r. łączna powierzchnia lasów na obszarze Gminy Wadowice wynosi 3393,0977 ha, a zalesienie Gminy wynosi 30,2 proc. (średni udział lasów w powierzchni wynosi dla powiatu wadowickiego 24,1 proc., dla Małopolski 29 proc., a dla Polski 28,1 proc.). Po odjęciu powierzchni miasta procent zalesienia obszarów wiejskich Gminy wynosi 33,2. Proporcja ta odpowiada w przybliżeniu proporcji zalesienia kraju.
Wszystkie lasy stanowiące własność Skarbu Państwa będące w zarządzie Państwowego Gospodarstwa Leśnego Lasy Państwowe Nadleśnictwa Andrychów na terenie Gminy Wadowice uznane zostały zgodnie z decyzją Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 8 listopada 1995 r. za lasy ochronne. Są to w całości lasy wodochronne, obejmujące:
- lasy u źródlisk rzek i potoków, spełniające głównie funkcje wodochronne oraz przeciwpowodziowe, a także polochronne,
- lasy wzdłuż rzek, potoków, kanałów, jezior i innych zbiorników wodnych, spełniające głównie funkcje wodochronne, przeciwpowodziowe i turystyczne,
- lasy na ważniejszych wododziałach, spełniające głównie funkcje wodochronne.